上海中医药大学综合档案室成立于1992年，2003年搬迁至图书馆裙楼3楼，占地面积600余平方米，目前库藏各类档案10万余卷（册）。档案门类有教学、科研、文书、设备、财会、基建、实物、声像、名人档案等，已基本实现了制度化、规范化、数字化管理。
综合档案室隶属党校办，目前有专职工作人员3人和兼职档案员57名，承担着学校档案的收集、保管、利用、研究、编研等任务。档案工作在学校发展中发挥着不可替代的作用，为教学研究、会议筹备、校志编写、财务审计、职称评定、学历学位认定、亲属关系公证、规章制度制定以及信访处理等方面提供有效服务和重要依据。
库房管理设施分别选用档案密集架、钢制档案柜、防磁柜、囊匣等多种装具，配备自动化温湿度控制系统，基本实现恒温恒湿的档案保存环境，采用电子摄像头实时监控及门禁系统以保障档案安全。
综合档案室1997年5月被国家档案局评为国家二级先进，是本市地方院校首家达标单位，多次被市教委评为档案系统先进集体和个人，档案类研究论文多次获奖。
